Venuslee

Bioinformatics PhD candidate · WHU

生物信息学博士（武汉大学），即将毕业。熟悉深度学习、NLP 和大模型应用开发，开发和维护了 30 多个开源项目，大部分是 AI Agent 插件、长期记忆和 Skills；博士期间做多组学测序数据分析与生信数据库开发，研究涉及 RNA 加工、RNA 与组蛋白修饰和病毒感染，发表论文 6 篇。

项目

更多见项目页，共 32 个。

深度学习与大模型: 用 PyTorch 开发和训练 CNN、ResNet、Transformer 等深度学习模型；熟悉大模型的使用，开发过多个 AI Agent 插件和 Skills（见项目）。
自然语言处理: 用 TensorFlow、scikit-learn 构建机器学习模型，对文献进行筛选和分类；熟悉分词、词向量、词频分析、文本特征提取等技术。
编程与系统: 用 Python 和 R 实现各种个性化分析需求；熟练使用和维护 Linux 系统。
生信分析: 分析 RNA-seq、ChIP-seq、CLIP-seq、CUT&Tag、GRO-seq、RIC-seq、CLASH 等测序数据，以及蛋白质组 IP/MS 数据，构建蛋白互作网络。独立开发并维护生信分析 Python 工具包 pybiotk。
Web 开发: 为武汉大学高等研究院开发文献数据库内部网站，用爬虫为数据库做文献调研；有多人协作开发项目的经验。

2026
3′UTR shortening alleviates miRNA repression of mRNAs critical for muscle stem cell differentiation
Zhu Y, Wang J, Tong D, Jia P, Chen S, Li Y, Fu J, Li Q, Hu P, Zhou Y, Cheng H

EMBO J. 2026 Feb;45(3):722-748. 生物学 1 区 Top
2024
DOT1L/H3K79me2 represses HIV-1 reactivation via recruiting DCAF1
Liang F, Jin J, Li Q, Duan J, Jiang A, Chen X, Geng H, Wu K, Yu F, Zhao X, Zhou Y, Hu D, Chen L

Cell Rep. 2024 Jul 23;43(7):114368. 生物学 1 区 Top
2022
MVIP: multi-omics portal of viral infection
Tang Z#, Fan W#, Li Q#, Wang D, Wen M, Wang J, Li X, Zhou Y

Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D817-D827. 共同第一作者生物学 2 区 Top
2022
Transcriptome-wide profiling of N6-methyladenosine via a selective chemical labeling method
Xie Y, Han S, Li Q, Fang Z, Yang W, Wei Q, Wang Y, Zhou Y, Weng X, Zhou X

Chem Sci. 2022 Oct 5;13(41):12149-12157. 化学 1 区 Top
2021
ASER: Animal Sex Reversal Database
Li Y, Chen Z, Liu H, Li Q, Lin X, Ji S, Li R, Li S, Fan W, Zhao H, Zhu Z, Hu W, Zhou Y, Luo D

Genomics Proteomics Bioinformatics. 2021 Dec;19(6):873-881. 生物学 2 区
2021
NEPdb: A Database of T-Cell Experimentally-Validated Neoantigens and Pan-Cancer Predicted Neoepitopes for Cancer Immunotherapy
Xia J, Bai P, Fan W, Li Q, Li Y, Wang D, Yin L, Zhou Y

Front Immunol. 2021 Apr 13;12:644637. 医学 2 区 Top

# 表示共同第一作者；分区为中科院分区。